1950年、東京湾に「ティア」と呼ばれる青く光る空間の亀裂が突如として現れ、全人類が1時間気絶した。

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人々が眼を覚ますと、世界は非科学的な事象を引き起こす物体「ストレンジネス」で溢れかえり、人類は非科学的な異能「ペンナ」を手に入れていた。

時は2084年。ストレンジネスの研究や処理を進める機関「カリブルヌス」の第一支部に突然招聘された高校2年生、木立 空(きだち そら)が、人類を脅かすストレンジネスと、敵対組織「アマデウス」に立ち向かう…！！