地球史を模倣する装置「エミュレータ」の研究とその開発を行っていたアールシュは、この世界自体がエミュレータ内で稼働する仮想現実であるということを示すある異常を発見する。 異常について調査をしていたアールシュたちはのちに「あの日」と呼ばれるようになる現象を引き起こしてしまう。 同じ頃、偶然にも異常の発生に巻き込まれていたシンタロウとサクラは唯一「あの日」のメッセージを解析する事に成功し、アールシュたちも知らない重要な情報を知ってしまう。