養護教諭である狭間（はざま）光一はある日、時計を模した巨人に襲われた。 間一髪のところで助けてくれたのはツバメのようなロボット、ヨルワタリ。 そしてパイロットは光一の姪である狭間夢月（むづき）だった。 しかし、光一の知る夢月はまだ４歳。自ら１６歳だという夢月は、１２年後の未来からやってきたのだという。 光一を襲った時計の巨人は、修正機関〈リライト〉の先兵。 １２年後に光一がタイムマシンでもあるヨルワタリを開発したことで、〈リライト〉は時の流れを破壊する恐れがあると見なした。そのために光一を抹殺しようとする。 そして夢月はそれを阻止するために、ヨルワタリに乗って時を超えたのである。 目の前で亡くなった叔父——光一を、なんとしてでも救い出すために。 荒唐無稽な話に、光一は夢月のことを最初は自分の姪だと信じなかった。 しかし彼女の表情や言葉のひとつひとつに、心が揺らぐ。 修正機関〈リライト〉が襲い来る中、光一、そして夢月はそれぞれの決意を胸に秘め、ヨルワタリに乗って戦う。 すでに決まった事実——運命を変えることはできるのか。 そのために、あらゆるものを敵にする覚悟はあるか——