何億年もの昔、地球を支配していた生物は爬虫類達であった。そして、爬虫類達の中から脳を発達させ、二本の足で歩き、両手で道具を使いこなす 『人類』 へと進化した者達が 現れた。彼らの名は爬虫人類レプティリアン。毛ではなく鱗に覆われた皮膚は我々サルから進化した人類とは異なる特徴を持っていた。その一つが変温動物であった事。故に彼らは 氷河期の訪れとともに絶滅してしまう。恐竜とレプティリアンの滅んだ後の地球を支配し たのは彼らから逃げ回っていた哺乳類の末裔達である。しかし、レプティリアン達は後の世に自らの遺伝子情報を秘薬として遺していた。何億年もの時を経てシベリアの永久凍土より発掘されたレプティリアンの秘薬を飲んだ二人の男。片やこの力を医療等に使うべしとする善の男。片や地球を哺乳類の手から取り戻すため、人類を滅ぼす事に使うべしと考える邪なる男。 そして現代、一人の少年は邪なる者の手により生死の境を彷徨うが、善なる男の手により九死に一生を得た。失うはずだった命はヤモリの爬虫人へと変身する能力を得た。善なる者達の意思を継ぎ、少年は邪なる爬虫人類達と戦う事を決意する。その名はゲッコーボーイ！