遥か未来、人類の生殖機能は失われて絶滅の危機に追い込まれた。 残った僅かな人類は、生命の誕生と管理を、高度な人工知能を持つコンピュータ「ハレルヤ」に託した。 培養された子供たちは十歳になると、ハレルヤによって「上層区」「下層区」に選別される。上層区は下層区を管理するために存在し、下層区はその恩恵をただ受け止める。 双生児として培養されたアオとソラは、十歳で上層区と下層区に引き離された。 それから八年間、異なる環境で育った二人は、ある日再会を果たす。アオは下層区の現実に戸惑い、ソラは上層区の思想に疑問を覚える。それはやがて世界に対する疑惑へと繋がっていく。