街を破壊する怪獣、それを阻止しようとする防衛隊。しかし防衛隊の攻撃は全く歯が立たない。 「東阪大学 生物学研究所」は怪獣がフレロビウムと言う元素を含んでいる事を突き止める。 新たに創設された怪獣攻撃チームの芦名雄介と生物学研究所の阿久津蒼真はこの謎に取り組むことになる。 そんなとき、蒼真の死んだ母からの手紙に 「あなたの父さんが作った異生物、怪獣を倒してください。父の贖罪のために」と書かれていた。 冗談であって欲しいと願う蒼真に、再び怪獣来襲のニュースが。