隕石の飛来とともに突如として現れた敵性巨大生物、『怪獣』の脅威と、加速する砂漠化によって、大きく生活圏が縮小された近未来の地球。日本では、地球防衛省を設立するなどして怪獣の駆除に尽力していた。 そんな中、元自衛官の源王城(みなもとおうじ)はその才能を買われて、怪獣の死骸処理を専門とする衛生環境省処理科、特殊処理班に配属される。何とそこは、怪獣の力の源、コアを処理することだけに特化した特殊部隊だった。 源は、とある事故によって失った記憶を取り戻すため、その仕事を進めていくのだが、その行く手には、怪獣が人間に寄生した怪人たちの組織、神獣協会が立ちはだかる。はたして源は、人類の根絶を目論む神獣協会を打ち倒し、自分の記憶と、もう一つの過去を清算することは出来るのか。 怪獣の事後処理に焦点を当てた、新感覚SFが今始まる。