甲賀忍者の子孫として今も忍術修行を受ける高校生たち。
それぞれ別々の道を歩む甲賀忍者たちが、様々な理由から野球に触れることになる。
舞台は高校野球。甲子園で忍者たちが日本中を沸騰させていく。