お江戸日本橋で百人以上をいっぺんに殺す辻斬りが出た。白昼の凶行にも関わらず、その姿を見た者がない。下手人は反応速度強化体の中でも最上級の速さを誇る超疾風と考えられ、これを捉える動体視力を備えた者が居合わせなかったのだ。その後も各地で同じ辻斬りが出るが、その跡を繋ぐと鎌倉に向かっているように見える。将軍お膝元での不祥事、ましてや下手人が超疾風であることから旗本である可能性が高い。幕府の威信をかけ将軍直属の特務機関である御庭番に下手人討伐の命が下った。江戸時代の観光都市・鎌倉を舞台に、特殊人体改造を受けた御庭衆が辻斬りと対決する。