2030年6月。太平洋上に異世界の大陸が顕現し、【聖王軍】を名乗る軍団の侵略が始まっていた。 【聖使徒カズアキ】を求め進軍する彼らは、多くの犠牲を払いつつも瞬く間に首都東京を破壊し、略奪の限りを尽くした。そして彼らは、【聖使徒】たる吉田和明のもとにたどり着くも、当の和明は戸惑う。 「全部君のせいだ。カズアキくん。君のせいで、大勢が死んだ」 そう言って嗤うのは、異世界の【主人公】である少年だった。彼は酷いいじめを受けた復讐に、和明を聖使徒に仕立て上げていた。 そんな悪行を止めるため、飛竜の魔女ヨハンナは立ち上がる。 復讐のためだけに生み出されたその異世界の、【主人公】を殺すため。