日本のとある街で意気揚々と暮らすちょっとしたお嬢様のシャルロット・ウィンチェスターは、誰にも言えないある秘密を抱えていた。 普段の彼女は、高校3年生で受験の真っ只中の普通の学生だが、夜になるとその姿は一変する。自分の刺激を求め、ハイテクノロジーを駆使して時に怪盗、時にヒーローとして街を駆け抜ける存在"怪盗ヒーロープリンセス"となる。 怪盗ヒーローとして活動していたある日を境に、ある組織と対峙し、身を投じて行く事となってしまった。