深麓数哉（みろくかずや）は19歳のフリーターであり、両親を飛行機事故で亡くし、中学を卒業するまでは祖父母と共に暮らしていた。 　生まれた時から、〈影〉と呼ばれる妖怪や魔物の類を認識できるという能力を持った特殊な人間であった数哉は、高校生の時からその能力を活かし、一人で〈影〉と戦ってきたのだが……。 　ある日、栄月美紅(さかづきみく)という女性に出会い、極秘の公的機関である〈6³（シックスキューブ）〉という組織に所属することになる。 　数哉は自分のように〈影〉と戦う者を影滅者(えいめつしゃ)と呼ぶことを知り、〈6³〉は影滅者を集めた組織であることが分かる。 　その組織で〈影〉の存在や影滅者について、また、組織の名前の由来である〈認識値〉というモノを知る事になる。 　人間には認識レベルというものがあり、それを数値化したものを〈m値〉と呼んだ。 　〈認識値〉とは、〈影〉を認識できる〈m値〉の事を指し、その数値が〈６６６〉であることから〈6³〉と呼んでいるのだった。