世界が終末を迎えて300年。主人公、松阪蛍は旧栃木県の北部第3シェルターで、感染者の襲撃を受けていた。命からがら逃げ出すも、外の世界の支配者は人類から感染者に移り変わり、人類が生きていくのは到底不可能な世界へと変貌していた。主人公は第3シェルターの壊滅を伝えるべく、他のシェルターを目指す。道中、仲間を増やし、戦い、感染者達に人類が勝利すべく活動していくこととなる。これはそんな主人公を追う物語だ！