東京・京都・福岡で首のない他殺体が相次いで発見された。現場には“歴史を正しく見ようとしない者”への死刑宣告文と、国宝「金印」の朱印が。十津川警部が捜査に乗り出した直後、怪しげな団体が幻の「卑弥呼の金印」を発見したと発表し、古代史学会は騒然とする。さらに代表の男は殺人犯を知っているというのだが…。十津川警部が古代史と連続殺人の謎を解き明かす。