潮乃音高校（しおのねこうこう）に入学した歴史好きの少女、 『小倉歴奈（おぐられきな）』は、『歴史研究部』を訪れた。 だがその部は、日本史や世界史を研究部しているだけでなく、 人の黒歴史を研究する『黒歴史研究部』だった。 自分も深い黒歴史の悩みを抱えている歴奈は、 大いに戸惑うことになる。 だがーー。 ミステリアスな部長。 クールで驚異の運動能力を誇る副部長。 彼女たちの活動に戸惑いつつも、 黒歴史の悩みを抱えた人たちへの接し方を知るにつれて、 歴奈は黒歴史研究部に惹きつけられていく。 そして、潮乃音高校の生徒たちの数々の黒歴史に接することになる。 黒歴史研究部の活動では時として、 隠蔽された黒歴史に対する調査、そして推理が必要になることもあった。 異色の学園ミステリー、開幕。 黒歴史研究部へようこそ。