百年前、突如世界に現れた「亡霊」、通称「ヨミツカイ」によって人類は瞬く間に蹂躙され、インフラ、施設、居住区、その全てをを次々と踏み躙られていった。 それらを「狩る」存在、霊術師―― 水無月詩音はある日、最愛の思い人、間道碇に与えられた「使命」に従って、現地任務をこなしていた。 そんなある時、彼女は一人の少女の悲鳴を聞く。 その声の出所は、「八坂女子霊術専門学校」。 助けに駆けつけると、そこには瀕死の女子高生、御城ハルカ、そして学校の責任者が近くにいた。やがて、彼女は、この学校に入学することとなる。 転入生として入った水無月は九条マナ、椎名アカリと出会う―― 水無月は陰で間道の任務をこなしながら学校生活を送っていると、九条は水無月に対する「嫌な予感」が重なっていき、椎名と共に水無月の後を追うことにした。 そして、そこにいたのは、瀕死の状態の水無月と、人類最強の男、間道碇だった。