ヒーローになる。そんな夢を真面目に語る少年、星野飛鳥はその夢以外はありきたりな高校生だった。人とは違う夢を抱きながらも、平凡でつまらない日常を送る彼の目の前に、突如として巨大な人型兵器が飛来する。それは超古代兵器アークの一つ、『アーク・アストラル』。 失われた技術と少年の邂逅が、世界の秘密を解き明かす戦いの始まりとなる。