津波が引き起こした原発事故。原子炉は暴走し、大量の放射性物質を周囲に放出した。 たまたまそれを浴びたバナナ園のオオトカゲが、巨大怪獣ガジラに突然変異した。 あらゆる現代兵器をものともしないガジラ。防衛隊はついに研究中の秘密兵器次元歪曲砲を戦線に投入した。 次元歪曲砲の攻撃を受け、ガジラは次元の裂け目に飲み込まれて姿を消した。 しかし、ガジラは生きていた。 タイムスリップして230年前の江戸時代に転移したのだ。 突如現れた巨大生物を見て、江戸の町は大パニックに陥った。 慌てふためく幕府役人たちの中で、敢然と立ちあがった男がいた。 火付け盗賊改、長谷川平蔵宣以である。 平蔵は江戸中の「塩」と「活き魚」を集めさせた。 果たして平蔵の狙いは何なのか？　ガジラを倒すことができるのか？