ある日、世界のあちこちに門が現れた。 門は開くことはなかったが、こう書かれていた。 『ダンジョン入場者へ。これより、地球は体調が戻りかけてきた為、常在菌の選別を行う。長らく、大きな氷のせいで風邪をひいていたが、体温がやっと活動できる程に戻ってきた。そして、これから体調を戻して行く中で、体に棲みついてしまっている常在菌の選別を行おうと思う。当時の常在菌が死滅してしまった為、新しく環境を整えなければいけないのだ。ダンジョンには常在菌の内、善玉菌に欠かせない栄養と悪玉菌を殺す免疫を用意した。私の体調を理解して、善玉菌となるか、悪玉菌として死滅するか、頑張るといい。ある程度|ダンジョン《シャーレ》での培養に成功したら、本格的に体調を戻していこうと思う。それまでに、立派な善玉菌になってくれるように願っている』 この記述を見て、学者達は地球の意思を理解する。 地球温暖化とは、氷河期という風邪を引いた地球が体調を戻す為に発熱していただけなのだと。 門に備え付けられた時計とカウントダウンの予想は三ヶ月。 それまでに各国は地球と共に生きる善玉菌になるか、あくまで人を中心として生きる悪玉菌になるか選択を迫られる。 そんな中、なぜか既にダンジョンに入り込んでしまった少年の成長物語