日本秘密防衛組織、略してＪ。日本をいかなる大国からも守り抜く――それが彼らの役目なのである！組織には「大佐」と呼ばれる男を筆頭に、その下に３人の「JA」がいる。彼らはＪ機関の中でも選り抜きの秘密探偵なのだ。事件は各国のスパイ網が張りめぐらされ、密輸団が暗躍する国際都市ホンコンで起こった。Ｊ機関のS3号が敵対するＩ国のスパイに殺され、彼と会うはずだったS6号は、唯一の手がかり「飛鳥次郎」という少年を捜すことにした！