“天の光現象”――20XX年、地球の至る所で観測された怪現象。 ある日突然、何の前触れもなく、それは起こった。 天から、雨の様に輝く光が地球上に降り注いだのだ。 それはあらゆる国の、あらゆる空で観測された。 映像や画像、あらゆる記録媒体のデータに記録される事のない怪現象だ。 そして、その光の雨を浴びた母体から産まれた子供は、なんと超能力を有していた。 科学者や専門家らはその超能力を指して“先天性第六感症候群”と呼んだ。 超能力をオカルト的に信仰する宗教団体は“神通力”と呼んだ。 そして、この呼び名が最も大衆に浸透しただろう。 若者たちからはもっと俗物的に、こう呼ばれた。 ――“スキル”と。 超能力を持った子供たちは総じてスキルホルダーと呼ばれ、各国で保護――もとい監視と管理、隔離して国外への流出防止を目的として、ある施設に収容される事になる。 それが、“第六感症候群患者専用特別保護区域”。略して六専特区だ。 六専特区に在る小中高一貫校の“日本六専学院”、そこに通う一般生徒の火室桐裕《かむろ きりゅう》は、ある日天野来海《あまの くるみ》という一つ学年が上の女生徒と出会い、事件に巻き込まれてしまう。 なんと、彼女はスキルホルダーを守る為に暗躍する国家直属秘密組織、“第六感症候群秘匿特務班”――通称S⁶《シックス》のエージェントだったのだ！ そんな縁あって、なし崩し的にS⁶《シックス》のエージェントとなってしまった火室桐裕は、日々の学院生活の中でスキルホルダーたちの悩みを解決したりしていく内に、大きな事件へと迫って行く。 それは、主人公の過去にも関係のある事で――。