――ときに二〇九九年。 銀河帝国メルディアスと蒼き星、地球は戦っていた。 剣持飛鳥が搭乗する鳳凰紅蓮丸の活躍もあって、戦いは終結へと向かっていた。 しかし、メルディアスのエリス姫が仕掛けた爆弾が起動され、日本が壊滅する危機に陥ってしまった。 飛鳥はエリス姫を説得し、エミリア達の力を借りて次元を超越し地球へと飛翔した。 メルディアスと地球との戦いに参戦していた宇宙海賊の真紅の緋音こと、 星森緋音は飛鳥が地球へと旅立つ瞬間を見届け、自分の星へと帰路に着くのだった。 ワープ航法中に緋音が搭乗していたグランドアース号は何者かに襲撃され、 そのまま戦闘へと突入してしまう。 この出来事をきっかけに緋音は因縁のある相手と再会を果たす。 そして、自分の使命や出生の秘密を知ることになる。