かつて神戸市六甲山系・金鳥山にカタカムナ文明という13000年前に栄えた超古代文明があったとされる。 彼らは縄文時代以前にすでにロータリーエンジンや重力制御、物質移送、遺伝子操作などのハイテクノロジーを駆使し宇宙の真理も解明していた。 それ以降人類の歴史を見守ってきたカタカムナ人３人が現代の県立高校生として蘇り彼らの任務を遂行中に超自然科学研究部とともに謎の考古学やオカルト、都市伝説の謎解きをする物語。