1985年7月、とある地方の山村「寒川村」に派遣された陸上自衛隊・大倉京介（おおくらきょうすけ）二佐は村民と共に楽しく暮らしていた。しかし、5年前から一人ずつ村民が失踪することを聞いた大倉は事件の真相を探ろうと、同じく送り込まれた安田竜二（やすだりゅうじ）二等陸曹などと「大倉機関」を創設した。大倉らは例の失踪事件や寒川村を牛耳る玉島（たましま）氏について調査するうちに、過去に起きた寒川ダム建設を巡る事件にたどり着き、大倉らは村の本当の姿と住民間の対立に巻き込まれることになった。