1日と1日の挟間にある“影時間”に現れるシャドウ。湊は巨大シャドウに襲われた際、『ペルソナ使い』の能力に目覚める！シャドウを倒すべく選ばれし集団“特別課外活動部”に誘われた湊は、シャドウの巣となるタルタロスへと向かい……。