海上自衛隊の本条薫2尉は最新鋭の「そうりゅう」型潜水艦「ひりゅう」に配属される。本条は1人前の潜水艦乗り（サブマリナー）になるべく、厳しい訓練に取り組んでいた。その最中、尖閣諸島の沖合で国籍不明の原子力潜水艦が日本の領海を侵犯したとの報が入る。政府から「ひりゅう」に防衛出動の命が下され、本条はその渦中に放り込まれることになるが... ※2018.05.12 第2部と第3部を大幅に改定し、新たに第4部を追加しました。