―――２０３５年、人類は衰退の一歩を辿っていた――― この世界と、昇天した生命体の魂が集う楽園とをつなぐ《天国門(ヘブンズ・ゲート)》の開門によって世界中に現れた地球上のあらゆる生物の頂点に君臨する、神に等しい生命体《賢者(セージ)》と、かつて地球に存在した１２人の英雄《シャッフル》の地球奪還作戦により、人類の一斉捕食が行われた。 その脅威に人類は為す術もなく、世界の人口は約３万人にまで減少し、その全てが日本のとある小さな町、如月町の地下《アンダーシティ》に追いやられていた。 人類は生命、太陽、住居、資源、あらゆるものを失い、もはや絶滅の時を待つのみとなっていたのだった。 だが、そんな彼らの中には《賢者》《シャッフル》に刃を向け、栄光ある人類の未来を取り戻そうとする者達もいた。 その組織の名は、《地球内究極生命体対策組織》 またの名を―――《ＡＳ(アサルト・シャッフル)》