入学早々、ぶっとんだ挨拶をかました涼宮ハルヒ。 退屈な日常にあきたらない彼女は、「世界を大いに盛り上げるための涼宮ハルヒの団」 通称SOS団なる不思議軍団を結成したのだ。 そんな彼女に巻き込まれたのが、クラスメイトのキョン、無口な読書少女・長門有希、 萌え担当の朝比奈みくる、謎の転校生・古泉一樹。 だが、キョン以外の3人には、ハルヒには言えない秘密があるようで……。 天上天下唯我独尊超ポジティブワガママ娘のハルヒに振り回されるキョンと SOS団が繰り広げる、ビミョーに非日常学園ストーリー！