「素材の品質は色で分かる」 イロハは錬金術とは一切関わりのない画家だ。 生まれつき常人よりも色を細かく見分けられる“色彩能力者”であり、その能力を活かして絵を描いていたが、どれだけ絵を描いてもどこか満たされなかった。 そんなある日、イロハは金になりそうな物を求めて亡き養父のアトリエへ入る。 一度も入ったことのなかった養父のアトリエの中には錬金術に関する本が置いてあった。 本を読み、イロハは『とある理由』から錬金術に興味を持つ。イロハは持ち前の色彩識別能力を活かし、手始めに『特規錬成物』に分類される“虹の筆”の錬成に挑む。 ――これは色で錬金術を操る少年の物語。