孤島で唯一の子どもとして育った少年タケルは、アタッカーという人間を襲うロボットと、謎の少女ミキに遭遇する。タケルの教育係であるアマノと島を防衛する組織SDFにより、地下シェルターへの避難に成功するが、すぐにSDFの看護官キムラの反乱により連れ去られてしまう。 ミキとの再会、謎の人物であるオオクニとの邂逅、反乱者であるキムラ。タケルとともに、それぞれが人間の新しい歴史を切り開いてゆく物語。