八代将軍徳川吉宗の時代、服部文蔵という武士がいた。

　服部という名ではあるが有名な服部半蔵の血筋とは一切関係が無く、本人も忍者ではない。だが、とある事件での活躍で有名になり、江戸中から忍者と話題になり、評判を聞きつけた町奉行から同心として採用される事になる。

　忍者同心の誕生である。

　だが、忍者ではない文蔵が忍者と呼ばれる事を、伊賀、甲賀忍者の末裔たちが面白く思わず、事あるごとに文蔵に喧嘩を仕掛けて来る事に。

　それに、江戸を騒がす数々の事件が起き、どうやら文蔵の過去と関りが……