しがない高校生、阿藤玄斗(あとうくろと)は交通事故で死亡し、妖怪や魔物が蔓延る異世界の日本に転移する。そこで物一つの大きさを自由に変えるというだけのスキル『拡大・縮小』を手に入れる。 身一つで異世界で放り出され、行く宛のない玄斗は日銭を稼ぐためにスキルを利用して、魔術とスキルを使用して魔物を祓う魔術師である『退魔師』稼業を始めることになる。 慣れない戦いな上、魔術の才能がなく、スキルもデメリットばかりで使い勝手の悪いスキルながらも玄斗は奮闘し、しぶとく異世界で生き残っていく。 しかしある日、ある魔物を祓う仕事をしていた時、玄斗は自分のような非公認のモグリの退魔師でなく、国に認められた退魔師であり、日本最強とも噂される女退魔師、化野凛嶺と出会う。 モグリの退魔師の玄斗は凛嶺と出会し死を覚悟するが、凛嶺は玄斗のスキルを見て目の色を変え、あろうことか玄斗を自分に並ぶ最強の退魔師に育て上げると宣言する。 戸惑う玄斗であったが、凛嶺の元で修行する内に『拡大と縮小』のスキルの真価が見る見ると判明して……