コールドスリープしている間に体を改造され、記憶を失った少年ユウヤは、100数年後に生まれた少女アカネに出会う。 その後彼らは、誰も彼もかつての人間ではなくなった世界で彼らに埋め込まれた「ギア」や、それに類似した「パンドラ」についてのデータを集める日々が始まる。