攻略には核攻撃しかないと考えられていた中東の地下基地が、一機の有人機の捨て身の速攻をきっかけに落城する。 　ネバダ砂漠で同時テロを阻止したブラック・スワンは、再び世界最速機を駆って「ミッション・インポッシブル」に挑む。人工知能プライムの作戦計画の致命的な欠陥に気づいたアキラは、苦しい決断を迫られたビアンカと一夜を共にするが・・・ 　後に伝説となった「ブラック・イーグル作戦」は、新人類第二世代を狙う巧妙な罠だった。