突如陰陽師が消えてしまった現代。そんな世界で「最後の陰陽師」としてこの事件の調査を任命された「詠月 命(ヨミツキ ミコト)」が、目の前で陰陽師がどこかへと通じる穴に吸い込まれた、という目撃情報を頼りに、事件の現場へと赴く。すると、突如背後に開いた穴に吸い込まれてしまった。目を覚ますとそこは…異世界！？ 現代最後の陰陽師の異世界での冒険の扉が今、開かれた。