世界中にダンジョンが出現し、そこから現れるモンスター軍団によって人類滅亡の危機を迎えている時代。 　主人公のギルバート・ソウル――ギルはそんなダンジョンを攻略し、モンスターを封印するために戦う最強の魔術師だ。 　ギルとその仲間たちは世界を救うために最難関ダンジョンに挑むが、アクシデントから失敗し、仲間たちは全滅。 　ギル自身も瀕死の重傷を負ってしまう。 　だが、目を覚ますと彼は十五年前の世界に戻っていた。 　そこは彼が魔法学園二年生として学生生活を送っている時代だった。 　魔術師の素質を持つ者は９９パーセント以上が女性であるため、この学園での男子生徒はギル一人。 　こうして女だらけの魔法学園で、ギルの二周目の学園生活が幕を開けるのだった。 　滅亡の未来を回避するため一周目以上の力を手に入れつつ、無双＆ハーレムの日々が始まる――。