西暦2015年。日本が合衆国特別州となってから七十年が過ぎたその年、東京高速爆破テロが発生した。犯罪者組織「逆さ十字」による犯行は、その首謀者の逮捕という形で決着した。しかし存続した組織はいまも、全国の大規模犯罪の増加をもたらしていた。 2016年某日、「逆さ十字」からの犯行予告を偶然見つけてしまった新人警官クロエは、警視庁（TYPD）捜査一課特別係を名乗る女ミナに協力を要請される。成り行きのまま事件に関わり、ミナの補佐になったクロエは、法務大臣誘拐未遂事件の翌日、ある刑務所に連れてこらられる。それは東京都某所にある非公式の重犯罪者収容施設、通称「十三番」だった。