まどかと祐介は、高校の二年生。図書委員になったまどかのところに、さっそく現れた後輩のかかえる謎。奇妙な依頼の裏にある秘密をさぐろうとする二人。図書館司書の川村先生、「子守歌」というニックネームの（カゲで呼ばれている）、「老数学者」西澤先生を巻き込んで、放課後の図書室を探偵局にして、いくつもの謎を解いていく。