西暦2045年、平和を求める主人公、夙縁夜(しゅくえんナイト)の通っている高校が、かつて科学者が実験して失敗しそのまま暴走したトカゲの進化体、新蜥蜴（ドラゴン）によって壊された。回復の見込みがなく廃校となり、夜が転校した先は、ドラゴンを倒すため能力者を育てている私立三位(さんみ)学園。 果たして夜の平和は戻ってくるのか！？