人類が地球を離れて早数世紀―――。 過去に起きた大戦争をも乗り越えなんとか今日も人類は生存圏を広げていた。 とある力を持つ少女レイ。その力の代償により限られた時間を思い残すことなく使うため家元を離れるが、その折海賊に襲われてしまう。 その危機を助けたのは腕はいいが過去に大きな傷を持つ宇宙の何でも屋のアリス。 助けられたレイはアリスの元で出会いと別れを経験し、少しずつ世界を知っていく。 その一方で、ある男の暗躍によりある計画が進行する。 この二人の出会いを中心にやがて物語は銀河中を巻き込んだ大事件へと発展していくのだった。