先祖代々祭っている神様によって、両親や祖父母を殺された『柊弥』は、親戚に引き取られ虐待を受けながら生活していた。 斑鳩乃島にある斑鳩宮高校に進学した柊弥はある日の夜、島のシンボルである大きな『宿り木』の下で1人の少女『恋華』に出会う。 恋華は斑鳩乃島の何処かに存在しているという神「マーラ」を探しているという。 家族をマーラによって殺されたという恋華の話を聞いた柊弥は、かつて先祖代々祭っていた神と同一のものと分かり、恋華に協力するようになる。 協力するにつれて、学園で苦悩や葛藤などあらゆる感情に苛まれながら生活する少女達と関わるようになり―― ある少女と繋がることとなる。