一年半前。神々は再び世界中の地上に舞い降り、人類の前に姿を現した。 日本のあちこちに出現する『ダンジョン』。神々はそれを『世界そのものの防衛機構』だと語った。 その日は、あらゆる天変地異を超えた大きな世界の改変が起きた。 歴史上世界最多とされる同時多発的な緊急事態宣言。 神が現れたことで新たな時代を迎える宗教活動。異界から現れる侵略者の存在にも未だ多くの国が頭を悩ませる。 そして東京と神奈川の県境を流れていた『多摩川』の中流より先が未来永劫消え去った。 それが法則が大きく変わった『あの日』に起きた、重大な出来事の数々だった。 ……私が男で魔法少女なのは、それとは全く関係のない別の話だ。 異界の敵と戦うことを使命とする魔法少女機関と学園は、世界の改変に伴い去年閉鎖した。 行き場がなくなった魔法少女たちは指示されるがまま、国が新設するダンジョン攻略者を育成する『冒険者学校』へと入学していく。