今から５億年以上前、異星人によって、天の川銀河ペルセウス腕辺境部にある小惑星に設置された生物兵器＜ソミョル＞は、惑星の消滅によって宇宙を漂流し、やがて東京湾に漂着する。再起動した＜ソミョル＞は自身に設定されたプログラムに従って地球上のあらゆる生物を浄化するために、活動を開始する。 静かに東京都内を移動しながら、＜ソミョル＞は人々を捕食し、自身の能力を最大限に発揮するために最適な場所を求め遂にその場所に到達した。猛威を振るう＜ソミョル＞は瞬く間に江東区内を支配下に置き、手当たり次第に人々を捕食して行く。 幼稚園教諭蘆田光と親友の篠崎渚は、園児２人を守って＜ソミョル＞の支配領域からの脱出を試みる。 一方、大蝶斉天内閣情報分析官率いる、政府の対策本部の奮闘とは別に、＜ソミョル＞に家族を奪われた人々の、生命を賭した反攻が始まろうとしていた。