幕末の京都。真田幸村は、時空の歪みにより甦った。幸村は『九尾の狐』である淀君と共に、大阪の陣の怨みを明治維新で晴らそうと目論む。 現代の日本。岐阜県の殺生石が割れ、九尾の狐が解き放たれた。この事態に、陰陽師・安倍泰成の末裔たちが、集結する。九尾の狐を封じるために、若い清麻呂が戦いにでることになった。だが、清麻呂は九尾の狐の攻撃で、時空の歪みに叩き込まれ、幕末の京都へと飛ばされる。 約百年後の人工衛星・北斗セブン。領土奪還のために、宇宙自衛隊が突撃カプセルで、地球へ空挺降下した。だが降下途中に事故が起こり、生き残った隊員は、桜庭春花と緑川健太の二名。この二人も幕末の京都にタイムスリップして、清麻呂と出会う。 明治維新の動乱に乗じて、徳川への怨みを晴らす淀君と幸村。それを封じるために戦う清麻呂と協力する春花と健太。壮絶な戦いが、幕末の京都を舞台に始まった。