15歳の少年ウィル・ウェストは、たぐいまれなる身体能力と頭脳を持っているにもかかわらず、それを隠すようにと両親に言われながら生きてきた。だがある日、うっかりテストで高得点を取ってしまってから、謎の男たちに狙われるようになる。しかも優しく温かかった両親の様子がおかしい。身の危険を感じたウィルは、招きを受けていた寄宿学校「統合学習センター」へと転校するのだが…。新時代の学園SF冒険譚、開幕!