時は22世紀、地球上では人類の行いによる温暖化を止めることができず、海面上昇に加え、大気中の酸素の割合が著しく減ってしまったがため、人類は地下のコロニー、もしくは海底のコロニーを建造し、地上での生活を手放してしまっていた。だが、コロニーは飽和状態にあり、各コロニーを統率する世界連合は世界最大の科学研究所ネオ・ムセイオンと共同で「アバター」と呼ばれる、地上の低酸素環境下でも活動できる人工生命体をリモート操作することで地上を再び人類の楽園化する計画を進めていた。そこへアバター達を襲う謎の巨大な生物「ギガス」が現れる。これはひょんなことからアバターを操作するペアリングパートナーとなり、地上でのギガスとの闘いに身を投じる事になった少女の物語である。