二十世紀最後の年を迎える瞬間に、一人の男が殺された。この死を皮切りに、大量殺人の幕が上がった。初詣客で混雑する神社や飛行機には爆弾が仕掛けられ、砂糖や水に毒が混入、イベント会場は炎に包まれた。一体何が起こっているのか？　やがて、そのヒントにつながりそうな手掛かりが、最初に死んだ男の部屋で見付かった。ミレニアムキラー２０００なる人物が二千人殺しを示唆するメッセージを残していたのである。