【ネタバレ注意】 翠宮神社の治世が始まり早百年が経つ。 彼らは残虐なキメラによる恐怖の国家運営をしていた。 レジスタンスの一員として、神社に反目した少女サクヤはその身を追われて、陸橋から電車の車内へと飛び降りた。 キメラ憲兵の追跡が迫るなか、車内に身を潜め、追跡を振り切ろうとするが捕縛される。 彼女のピンチを救ったのは一人の少年だった。 少年の名は八彩、彼は人外の力を振るいキメラ憲兵をのす。彼の正体はキメラであった。 なぜキメラがキメラに反意を向けるのか。疑問を持ったまま、サクヤは八彩の所属するレジスタンス『夜明けの鷹』に参加し、地域を支配する来宮神社の打倒に働く。 陽動作戦を展開し、八彩は本尊であるキメラ、獅音を一騎打ちで破る。 八彩の過去、彼の正体は神なるキメラ、すべての神社組織を取りまとめる翠宮神社の元本尊であった。八彩が戦う理由には妻であるキメラ美桜との非運の別れがあった。翠宮で囚われの美桜を助け出すために八彩は戦い続ける。 来宮の騒乱のあと、方宮にたどりついた夜明けの鷹はリーダーベルゲンを助け出すために捨て身の作戦に出る。 八彩が本尊瑪瑙との水上バトルを繰り広げるなか、潜行部隊の崩落作戦が開始される。 作戦は功をそうし、ベルゲンを助け出すことに成功するが代わりに多くの仲間を失う。だが、その戦いが他のレジスタンスの心を動かし、夜明けの鷹はさらなる飛躍を遂げる。 一行は最後の砦、翠宮神社へとたどり着く。 そこで見たものは多くのキメラの残骸であった。死因は翠宮帝が本尊幻楊に狩られたことによる神社側の措置、毒殺であった。 幻楊との戦いの最中で八彩は妻美桜の助力を得て、神の力に目覚めるが、同時に美桜を失う。 失意の八彩に最後の戦い、プロトタイプキメラ絶、との決戦が待っていた。 八彩が絶を打ち破り、国は神社による不当な支配から解放される。