中学2年生で生徒会の副会長、赤佐雅寛（あかさ まさひろ）は先輩で会長の緑愛梛（みどり あんな）と共に生徒会の業務や学校生活の中で起こる日常の謎を解いていく。 ある日の放課後、生徒総会前日のリハーサルで生徒会室に立ち寄った赤佐達は、割れた花瓶を見つける。急いでいた赤佐達はリハーサルを終えてから、割れた破片を片付けようと鍵を掛けて後にする。生徒会室に戻ってくると、割れた花瓶は跡形もなく消えていた。その謎に赤佐達が挑む。