学校法人カテドラル学院の学生であるシンラ・ヒビキは、謎の生命体が宿る〝オーブ〟を使って、〝ヴァルキリー〟と呼ばれる人型戦闘兵器を操縦し、学生の身分でありながら観測手として前戦へ駆り出されていた。そんな目まぐるしい学校生活を送っていたヒビキだが、とある防衛戦で初めて人を殺めてしまい、英雄と賞賛されているシャルム・ゴールディに目をつけられてしまう。 シャルム・ゴールディのような殺戮を楽しむ人間になりたくないと強く思ったヒビキは地球から出る事を強く決意。そんな中、マリウスの弟を救う過程で〝オーブ〟に宿っていた悪魔を殺してしまい、二人は悪魔から〝代償〟を受ける事になってしまった。 マリウスと共に機体強化や情報をかき集める事に奔走する中で〝宇宙間通信〟で知り合った地球の外に住む〝ＳＡＫＵＲＡ〟という女の子とやり取りしていくうちに、ヒビキの心に変化が生まれていく。互いの生活や文化の違いについて話すうちに、次第に直接会って話してみたいという思いが強くなり、地球から出るという目的と〝ＳＡＫＵＲＡ〟に会いたいという想いでヒビキは葛藤する事に。 しかし、戦闘は激化していく一方で、味方も含めた全ての敵を撃ち落としていくうちに、自分達は人と一緒にいてはいけないのだと〝代償〟の意味を身を持って理解する。 戦闘中行方不明を装って逃亡したヒビキ達だったが、無理を言ってマリウスに頼み込み、〝ＳＡＫＵＲＡ〟が乗っている宇宙船に辿り着き、彼女を含めた船を護衛するのを条件に束の間の休息を取る事になった。 そんな中、ヒビキ達に追っ手が差し迫っていた。シャルム・ゴールディの指示でヒビキ達が乗っている宇宙船に攻撃を仕掛けてきた。ヒビキ達は〝ＳＡＫＵＲＡ〟を守る為にヴァルキリーに乗り、完全に地球と決別する為に最終決戦に向かう。